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Antigo 26-10-2004, 11:07   #1 (permalink)
Spook
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Tópico Originário:
http://forumgdh.net/viewtopic.php?t=61098


Um pouco sobre o folding...

O que são proteínas e como elas são "formadas"? Proteínas são forças de trabalho da biologia -- as "nanomáquinas." Antes das proteínas poderem exercer suas funções bioquímicas, elas próprias se montam de uma forma incrível , ou se "formam." O processo de montagem de proteínas, apesar ser crítico e fundamental para praticamente toda a biologia, continua ainda um mistério. Além disso, talvez nem seja surpresa, quando as proteínas não se formam corretamente (i.e. "deformações"), podem existir consequências sérias, incluindo muitas doenças conhecidas como as doenças de Alzheimer, Vaca Louca (BSE), CJD, ALS, e Parkinson.

Para que serve o Folding@Home? Folding@Home é um projeto de computação distribuida que estuda a montagem de proteínas, deformações, agregação e doenças relacionadas. Utilizamos métodos de computação novos e computação distribuida de larga escala para simular escalas de tempo de milhares a milhões de vezes mais longas do que aquelas anteriormente conseguidos. Estas possibilidades pemite que consigamos simular a formação pela primeira vez e agora direcionar o foco para o exame de doenças relacionadas à formação de proteínas.

Como você pode ajudar ? Você pode ajudar o projeto através de um download e execução do software cliente. Os algoritmos deste software foram desenvolvidos de forma a que a cada novo computador que se associa ao projeto se consegue um aumento incomensurável na velocidade da simulação.

Depois de baixar o cliente Folding, verá que ao abrir o software, será feito o download de uma proteína (neste momento você precisa estar conectado a internet). Depois do download da proteína, você começará a processá-la automaticamente. O tempo de processamento depende do tipo de proteína e da potência da sua máquina, principalmente do processador (durante o processamento não há necessidade de estar conectado a internet). Terminado o processamento, o software irá enviar a proteína pronta para o servidor do projeto, obviamente você precisa estar conectado a internet, mas se não estiver no momento o software ficará fazendo tentativas de tempos em tempos até conseguir (mesmo você fechando o programa e abrindo-o novamente). Feito o envio, sua pontuação será atualizada no servidor e o software irá baixar outra proteína... e assim segue o ciclo.

Página Oficial http://folding.stanford.edu/
Download http://folding.stanford.edu/download.html
Estatísticas do Time (Extreme Overcloking): http://folding.extremeoverclocking.c...php?s=&t=31912
Estatísticas do Time em F@H Stats (antigo Kakao Stats): http://fahstats.com/t.php?t=31912
Pagina oficial do time http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/m...&teamnum=31912

O ID da nossa equipe é 31912 (lembre-se de colocar esse número quando for pedido o número de identificação do time). Você pode acompanhar o desempenho seu e do time do FórumGDH em qualquer um dos links de Estatísticas do Time.

obs.: Depois de completada uma proteína, é comum seu nome demorar até 1 semana para aparecer nas estatisticas. O mesmo vale para quando sua pontuação precisar ser atualizada.

Você pode conferir quanto tempo tem para terminar a proteína que está processando (conhecido como deadline), e quantos pontos sua proteína irá lhe fornecer quando terminada. Você pode conferir tudo isso visitando: http://vspx27.stanford.edu/psummary.html

Para descobrir qual proteína você atualmente está, abra o FAHlog.txt (fica na pasta do Folding@Home em Arquivos de Programas no Windows, ou na pasta onde deixou o executável do folding se estiver no Linux). Procure pela palavra Protein, um exemplo:

Citação:
(...)
[11:19:07] Entering M.D.
[11:19:28] (Starting from checkpoint)
[11:19:28] Protein: p854_p53dimer854
(...)
A minha proteína é uma p854_p53dimer854, e de acordo com o site, é do tipo Gromacs, tem um deadline de 44 dias e me dá 155 pontos quando terminada.

FAQ em português, com as principais dúvidas de quem está começando: http://folding.stanford.edu/Portuguese/FAQ
Informações sobre Folding no Linux: http://www.vendomar.ee/~ivo/FAHLinux.txt

Dicas!

Citação:
Postado Originalmente por marcostrabuco
Como configurar a versão console corretamente para conexão discada e ADSL/Cabo

User name []? Seu nome
Team number [0]?31912
Launch automatically at machine statup, installing this a service (yes/no)? [no] yes
Ask before fetching/sending work (no/yes)? [no] no
Use Internet Explorer Settings (no/yes)? [no] no
Use proxy (yes/no)? [no] no
Allow receipt of work assignments and return of results greater than 5MB in size (no/yes)? [no] no
Change advanced options (yes/no)? [no] yes
Core Priority (idle/low)? [idle] idle
CPU usage requested (5-100) [100]? 100
Disable highly optimized assembly code (no/yes) [no]? no
Pause if battery power is being used (useful for laptops) (no/yes) [no]? no
Interval, in minutes, between checkpoints (3-15) [15]? 3
Request work units without deadlines (no-pref/no/yes) [no-pref]? responda yes para conexão discada e no-pref para conexão adsl/cabo
Minimize networking -- get and submit work in batches (no/yes) [no]? responda yes para discada e no para conexão adsl/cabo
Ignore any deadline information (no/yes) [no]? yes
Machine ID ( 1-8 ) [1]? 1

Fonte: FórumPCs
Citação:
Postado Originalmente por Spook
Proteína demorada demais para o seu processador? Aniquile ela!!

Por vezes pegamos proteínas que demoram uma eternidade para alcançar o próximo frame ou aumentar apenas 1%. Apesar de serem as que dão mais pontos para o seu usuário, alguns processadores mais modestos demorariam um tempo grande o suficiente para o contribuinte folding desanimar.

A solução seria "trocar" de proteína. Basta deletar a pasta work do diretório onde está o executável do folding, e esperar ele baixar outra proteína. Se ele sempre baixar a mesma proteína, mesmo depois de ter feito isso... delete apenas metade do conteúdo da pasta work. Após isso, reinicie o folding. Não garanto 100% de certeza que funcione, mas é uma dica
Dica para Athlon XP e Duron Morgan

Citação:
Postado Originalmente por SampaGuy
O Folding@Home usa no core Gromacs as extensões 3D Now! para otimizar o processo, mas o AthlonXP e o Duron Morgan também suportam SSE, que é mais rápido. Para quem usa a versão console, ao rodar o programa, adicione o final "-forceasm", por exemplo, C:\FAH\FAH500Console.exe -forceasm , que vai forçar a utilização do SSE. Uma proteína que estou agora caiu o tempo de uns 15 minutos para 12 minutos cada frame.
Citação:
Postado Originalmente por Spook
Versão gráfica no Windows: Se estiver rodando a versão gráfica do folding, vá até o atalho do Folding, clique com o botão direito do mouse e vá em Propriedades. No campo objeto, vai estar o caminho para o executável do Folding, tudo entre aspas. Vá até o final deste caminho, e fora da última aspa, coloquei -forceasm, exemplo:

"C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winFAH.exe" -forceasm
Dica para Pentium 4 HT

Citação:
Postado Originalmente por fbdelo
Instale duas versões do folding (pelo menos uma tem q ser a console), assim ele vai tentar aproveitar o HT.
Citação:
Postado Originalmente por luis castilho
É só abrir duas vezes o console, então você coloca um como ID1 e outro como ID2.

Aí ele faz dois foldings ao mesmo tempo, como um sistema multiprocessado.
Dica Windows (1): Como colocar ele como serviço?

Citação:
Postado Originalmente por fbdelo
Como colocar ele como serviço? (modo invisível)

A última versão do programa (5.0.2) já possui na hora da instalação uma opção para que o programa se instale como um serviço na máquina. (veja Dica Windows (3))
Dica Windows (2): Para fazer rodar como serviço no windows 98

Citação:
Postado Originalmente por gugle
Para fazer rodar como serviço no windows 98

Tem que baixar a versão gráfica ir lá no registro. Vá em iniciar, executar e digite regedit. Vá até:

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\Curr entVersion\RunServices

e crie um novo "valor da seqüência"

e coloque o atalho onde seu f@h foi instalado .. C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winFAH.exe

Aqui o meu roda assim "C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winfah.exe -forceasm -verbosity 9"
Dica Windows (3): Configurando a versão console do Windows

Citação:
Postado Originalmente por Draken
Configurando a versão console do Windows

Rode o Folding@Home client usando o flag -configonly:

C:\Folding\FAH502-Console.exe -configonly

Presumindo que você colocou o arquivo executável na pasta Folding no C:. Modifique se necessário o comando para indicar o local correto. No menu que se segue basta preencher os campos:

Citação:
User name [unknown]? Seu Nick
Team Number [unknown]? 31912
Do not launch this program automatically, remove the service (no/yes) [no]? (para rodar como serviço, responda YES)
Ask before fetching/sending work (no/yes) [no]?
Use Internet Explorer Settings (no/yes) [no]? YES
Use proxy (yes/no) [no]?
Allow receipt of work assignments and return of work results greater than
5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]?
Change advanced options (yes/no) [no]? YES
Core Priority (idle/low) [idle]? (se quiser rodar exclusivamente o Folding, responda LOW)
CPU usage requested (5-100) [100]?
Disable highly optimized assembly code (no/yes) [no]?
Pause if battery power is being used (useful for laptops) (no/yes) [no]?
Interval, in minutes, between checkpoints (3-30) [15]?
Request work units without deadlines (no-pref/no/yes) [no-pref]?
Ignore any deadline information (mainly useful if
system clock frequently has errors) (no/yes) [no]?
Machine ID ( 1-8 ) [1]?
Então é só iniciar o Folding:

C:\Folding\FAH502-Console.exe -forceasm -verbosity 9
Dica Linux (1): Rodando Folding como "serviço", mas no Linux

Citação:
Postado Originalmente por Spook
Dica pra quem quer rodar folding no Linux, sem precisar ficar com uma janela de terminal sempre aberta:

Primeiro, vamos criar este script extremamente complexo : Abra qualquer editor de textos (Kedit, Gedit, MCedit....), coloque o conteúdo abaixo e salve-o com o nome folding.


#! /bin/sh
cd /home/{user}/foldingathome
./FAH500-Linux.exe -forceasm



obs.: No lugar de {user} coloque o nome de seu usuário no Linux (que seria o nome do seu diretório home), e troque o nome da pasta foldingathome pela pasta no seu diretório HOME onde está o executável do FAH4Console-Linux.exe. Se quiser, crie uma pasta foldingathome mesmo e jogue o executável do folding lá dentro.

Agora coloque o script, caso use o KDE, na pasta /home/{user}/.kde/Autostart/ (lembrando de trocar o {user} pelo seu usuário). Após isso, iremos torná-lo um executável, afim de poder ser iniciado pelo KDE. Então, use os comandos:


cd /home/{user}/.kde/Autostart/
chmod +x folding


obs.: Não sei se o Gnome tem uma pasta de Auto-início como o KDE, ou algo semelhante. Caso descubra, eu edito aqui. Talvez dê pra colocar no arquivo .xinitrc, daê bastaria logar como usuário que ele entraria em ação quando logar com seu usuário, em qualquer gerenciador de janelas.

Feito isto, ele estará executando na próxima reinicialização do KDE.

Para visualizar o estado da proteína (número de frames decorridos), basta abrir um terminal e dar o comando:

cat foldingathome/FAHlog.txt

=/ Comando meio chato, não??? Mesmo dando TABs pra auto completar, é meio chato, principalmente por causa das maiúsculas. Para resolver isto, vamos criar um link simbólico. Abra uma janela do terminal e digite:

ln -s foldingathome/FAHlog.txt ffolding

Lembrando que o foldingathome é a pasta onde está a proteína e executável do Folding@home.

Feito isto, quando quiser visualizar o estado da proteína, basta abrir um terminal e:

cat ffolding

Após digitar dois ff, basta um TAB que ele auto completa o nome do arquivo

por Spook
Dica Linux (2): Mudando o script para usuário não KDE

Citação:
Postado Originalmente por Spook
Mudando o script para usuário não KDE

Seguindo a dica acima... ao invés de colocar o script folding no diretório Autostart do KDE, é possível colocar ele para ser executado logo quando inicia-se o Linux. Contudo, para generalizarmos a dica, se assim podemos dizer, pegaremos apenas o conteúdo do script e colocá-lo no /etc/rc.local. Basta, ao final do arquivo rc.local, adicionar as linhas:

cd /home/{user}/foldingathome
./FAH500-Linux.exe -forceasm

Lembrando que {user} deve ser trocado pelo nome do diretório home onde está a pasta foldingathome no seu computador, que contém o executável do folding. Após isso, o folding estará funcionando logo que o Linux for iniciado.
Dica Linux (3): Emulando a versão console do Windows no Linux

Citação:
Postado Originalmente por Spook
Emulando a versão console do Windows no Linux

É conhecido que a versão do cliente folding para Windows é mais rápida que a versão Linux. Mas descobriu-se também que, mesmo emulando a versão do cliente Windows no Linux (através do Wine), ela ainda mostra-se significativamente mais rápida que a própria versão nativa do cliente folding para Linux.

Para a instalação e configuração:

Abaixe a versão console do Windows ( http://folding.stanford.edu/download.html ). Coloque ele em uma pasta no seu diretório /home para melhor organização. Instale o Wine. Foge do objetivo da dica explicar a configuração do Wine, contudo, é possível encontrar pacotes pré-compilados para a maioria das distribuições Linux, bastando apenas instalar. Aqui vai um artigo com algumas explicações sobre a configuração, se precisar: http://www.vivaolinux.com.br/artigos...o=126&pagina=2. Após isto, vá até o arquivo /home/{seu_usuário}/.wine/config. Procure pela linha GraphicsDriver, estará assim:

"GraphicsDriver" = "x11drv"

Modifique para:

"GraphicsDriver" = "ttydrv"

Fazendo assim o folding rodar no modo texto sem querer acessar o servidor gráfico (o X).

Agora, pra rodar o cliente, basta fazer o comando, dentro da pasta onde você deixou o cliente Windows:

wine FAH502-Console.exe -forceasm

Você pode alterar facilmente o script da Dica Linux (1), bastando alterar o último comando para o que está acima.

Importante: Se for rodar o cliente Windows com Wine pela primeira vez, faça isto manualmente (apenas na primeira vez), através de um terminal, por exemplo... logicamente pra configurar o cliente antes (veja a Dica Windows (3) )
obs.: Se encontrar algum erro nas dicas aqui colocadas, por favor comunique eu (Spook) ou qualquer um dos membros do time para alteração e correção.

Problemas conhecidos

Alguns jogos são minimizados de maneira involuntária na barra de tarefas do Windows XP, quando o usuário está usando a versão com modo gráfico do Folding@Home (que fica com o ícone ao lado do relógio do Folding@Home). Com a versão console não existe este problema. A solução é fechar o Folding@Home quando jogar, ou optar pela versão console do Folding. Este problema ocorre apenas em alguns computadores.

Avatar do Time

Como você já deve ter visto, os membros do time adotaram no seu avatar uma identificação de quem participa do time FórumGDH folding@home... o avatar é este:



Sinta-se a vontade em usá-lo se estiver participando do time. Basta salvar no seu computador o avatar, apagar o "NICK" do avatar e colocar seu nick aqui do FórumGDH (usando qualquer editor de imagens), e depois em "Perfil", no topo da tela, mudar seu avatar buscando ele salvo e alterado no seu computador. Se quiser criar seu próprio avatar também, e quiser compartilhar ele conosco, sinta-se à vontade.

Última edição por Spook : 09-01-2009 às 22:04.
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Antigo 26-10-2004, 11:10   #2 (permalink)
Spook
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Antigo 26-10-2004, 11:56   #3 (permalink)
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agora ficou bom otimo trabalho Spook

agora do falta achar quem criou o time la na pagina oficial para poder mudar a imagem do time que nunca apareceu la ....

Vamo la time... quero ver todo mundo trabalhando sml0001
http://vspx27.stanford.edu/teamstats/team31912.html

Não sei se a versão nova funciona como serviço no win98 mas se não funcionar o meu aqui eu uso assim
Citação:
Postado Originalmente por gugle
Para fazer rodar como serviço no windows 98 tem que baixar a versão grafica ir la no registro "regedit"

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\Curr entVersion\RunServices

e criar um novo "valor da seqüência"

e colocar o atalho onde seu f@h foi instalado .. C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winFAH.exe

Aqui o meu roda assim "C:\Arquivos de programas\Folding@Home\winfah.exe -forceasm -verbosity 9"

Valeu
[]´s
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Antigo 26-10-2004, 13:10   #4 (permalink)
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Boa... muito legal... agora vamo deixar essa primeira página bem completa, pra cada vez mais gente aderir ao FAH.
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Antigo 26-10-2004, 14:42   #5 (permalink)
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muito bom, aogora ficou mais limpa a bagaça, todos entenderam e irão aderir à causa!!!
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Antigo 26-10-2004, 17:14   #6 (permalink)
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Muito boa a iniciativa pois no inicio quase desisti pois fui pesquisar e ache trocentas páginas...
To contribuindo, com K6-500 veinho de guerra, pegou a p854_p53dimer854, está em 387/2500, hehehe tadinho do micrimnho, em 2029 termino essa...

Uma pergunta, eu peguei essa proteina, p854_p53dimer854, outra pessoa pega a mesma para precessar? Ou enquanto eu tiver com essa ninguém mais pega? Porque se eu pegar, outra pessoa pegar a mesma com um put* micro@3000 Mhz, ele vai acabar muito mais rapido. E a minha, quando terminar depois de uma cara, trabalho perdido? E se ninguém pegar essa proteina enquanto estiver com ela, vou ta atrazando o pessoal com minha maquininha....

Não to entendendo... (leia-se estilo Magda...)

Um abraço a todos,
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Aprenda inglês pelo Second Life!!! Grátis, simples e eficiente. Grupos com Nativos!!!!
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Antigo 26-10-2004, 18:36   #7 (permalink)
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O negócio é seguinte C@che Br@sil, quado você pega uma proteína, ela é só sua!!! Apenas em casos de a proteína ser "perdida" pelo seu micro ela passa para outro.... quanto a velocidade de processamento, não se preocupe, você não estará atrasando ninguém, a única coisa que vai acontecer é que você não vai ser tão rápido quanto alguém, como você mesmo disse, um micro@3000Mhz.
Não esquenta, o importante é que você estã ajudando o time e a humanidade, já pensou, descobrem a cura de uma pancada de doenças com as proteínas que nós ajudamos a desdobrar?! :twisted:
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Antigo 26-10-2004, 20:17   #8 (permalink)
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Na página oficial do time não dá para colocar um logo do FGDH? O atual "http://www.myteam.com/mylogo.jpg" não tem nada... :roll:

Abraço.
Marcos FRM está offline   Responder com Quote
Antigo 26-10-2004, 20:30   #9 (permalink)
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Citação:
Postado Originalmente por Peart
é que a gente esta na captura de quem registrou o time la .. :roll:
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Antigo 26-10-2004, 20:50   #10 (permalink)
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Se não me engano, foi o velhaco que fez o registro e criou o primeiro post!!! Procura ele!!!
Thiago_Capão_Bonito está offline   Responder com Quote
Antigo 26-10-2004, 22:08   #11 (permalink)
luiscastilho
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Primeira dica:

Coloque que o outro topico foi fechado pois o "moderador" sumiu...........

E que agor ao topico oficial é este, pois aquele "(2)" deixa que não conhece meio em duvida.

Ate mais,
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Antigo 27-10-2004, 0:41   #12 (permalink)
Spook
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Aê galera!! O Peart já me enviou algumas solicitações de modificações e atualizações nos links (já aplicadas).. e um aviso: não esqueçam de atualizar o link do novo tópico na sua assinatura

Abraços a todos... quem tiver + sugestões, manda uma MP ou posta aqui
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Antigo 27-10-2004, 0:59   #13 (permalink)
Dräken
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Citação:
Postado Originalmente por C@che Br@sil
Uma pergunta, eu peguei essa proteina, p854_p53dimer854, outra pessoa pega a mesma para precessar? Ou enquanto eu tiver com essa ninguém mais pega?
Pelo que consta no FAQ a sua preocupação tem fundamento:

Citação:
Existe um limite de tempo para uma máquina terminar uma Unidade de Trabalho?

Sim conforme a unidade de trabalho. As unidades de trabalho com prazo "expirado" são redistribuidas para outroas máquinas. Levando em conta que Unidades de Trabalho são criadas a partir do resultado de Unidades de Trabalho devolvidas é necessário que o ciclo permaneça ativo e por isso as unidades têm que ter um prazo para expirar. Quando estamos na presença de Unidades de Trabalho maiores também o tempo de expiração é maior. Por exemplo para uma molécula de villin existe um tempo de expiração de três dias Alguns tempos são menores. De qualquer forma o usuário sempre é creditado por Unidades entregues, mesmo que seu prazo de entrega já tenha expirado, apesar de que sua utilização para fins científicos deixa de ser tão útil.
Mas como o prazo de expiração da sua WU p854_p53dimer854 é de 44.00 dias acho que não tem perigo, e o legal é que valerá muitos pontos quando concluída (155).

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Antigo 27-10-2004, 1:08   #14 (permalink)
Dräken
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Eu estou temporariamente com uma máquina sem hd por aqui e pensando em aproveitá-la para rodar o F@H achei o Overclockix, baseado no Knoppix e que poderia rodar direto do CD.

Eu tentei baixar mas estava muito lento - será que alguém conhece, ou já usou e recomenda ?

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Antigo 27-10-2004, 1:21   #15 (permalink)
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Mas sem HD, não teria como guardar a proteína, ao menos que vc deixe todo tempo o PC ligado... mas é uma quedinha de energia e PUFF!!! Adeus aquela Tinker de 200 pontos e 5 dias :twisted:
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Antigo 27-10-2004, 9:40   #16 (permalink)
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A não ser que gravasse numa outra máquina, na rede. Acho que daria pra fazer isso.
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Antigo 27-10-2004, 11:01   #17 (permalink)
Dräken
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Spook, concordo com você mas como os pcs já ficam ligados direto para rodar o F@H e existe nobreak, então rodar pelo CD não seria crítico (sem dúvida haverá um maior risco de perda do trabalho, já que não serão gravados os checkpoints para salvar o que foi feito).

fdbelo, essa sua idéia de salvar em outra máquina com hd é legal, mas imagino que deve ser meio complicado montar essa configuração. Eu estava querendo uma solução que desse menos mão-de-obra porque ando meio sem tempo (e com muita preguiça...) sml0067

Acho que vou tentar de novo baixar o Overclockix e fazer uns testes. Só estava meio hesitante porque sou "manco" em Linux (no mínimo será uma boa oportunidade para melhorar).

Obrigado pelas respostas !


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Antigo 27-10-2004, 11:23   #18 (permalink)
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Spook... Acho que no primeiro post do tópico merecia ter um link para a página do kakao: http://www.kakaostats.net/ na minha opinião é a melhor página de estatísticas do folding existente.
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Antigo 27-10-2004, 12:03   #19 (permalink)
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Alguem sabe quem registrou o Time la no site oficial ???

PS: não foi o velhaco e nem o asolivei ....
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Antigo 27-10-2004, 14:13   #20 (permalink)
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Postado Originalmente por GuGle
Alguem sabe quem registrou o Time la no site oficial ???

PS: não foi o v...
Cara, se não foi nenhum dos dois eu não sei então, a única coisa que eu sei é que o tópico antigo tinha começado com o Velhaco
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